L’inspecteur du travail a la possibilité à tout moment d’exiger le retrait ou la modification des dispositions contraires à la loi aux articles mentionnés précédemment (C. trav., art. L. 1322-1). Une décision motivée est notifiée à l’employeur et communiquée, pour information, aux membres du comité d’entreprise ou aux délégués du personnel et, pour les matières relevant de sa compétence, aux membres du comité d’hygiène, de sécurité et des conditions de travail. Elle peut faire l’objet dans les deux mois d’un recours auprès du directeur régional du travail, qui doit également motiver sa décision et la transmettre aux institutions représentatives du personnel. La décision du directeur régional est susceptible de faire l’objet d’un recours hiérarchique devant le ministre. Dans les faits, les salariés saisissent l’inspecteur du travail sur le fondement de l’article L. 1321-1 du code du travail. A ce type de recours administratif s’ajoute la possibilité d’un recours contentieux. Un employeur ou un comité d’entreprise peut contester une décision administrative de l’inspection du travail devant le juge administratif qui est compétent pour apprécier la légalité d’un règlement intérieur sur le fondement de l’excès de pouvoir. Mais des salariés ont également la possibilité de contester la validité des dispositions du règlement intérieur devant le tribunal de grande instance qui annulera les clauses jugées illicites. Cependant, la déclaration d’illégalité d’un texte réglementaire prononcée par le juge administratif s’impose au juge civil qui ne peut faire application de ce texte illégal. Souvent les contestations ont lieu devant les prud’hommes à propos d’un conflit individuel. Dans ce cas, le juge a le pouvoir d’écarter la disposition qu’il juge illicite, mais pas de l’annuler.
Dans les établissements publics, le contrôle du règlement intérieur sera effectué devant le tribunal administratif.