Le Comité des ministres est l’instance de décision du Conseil de l’Europe. Il est composé des ministres des Affaires étrangères des 47 Etats membres, ou de leurs représentants permanents à Strasbourg. Le Comité des ministres, présidé à tour de rôle par chaque pays pour une durée de six mois, se réunit une fois par an. Les réunions, appelées « sessions », se déroulent en principe à Strasbourg. Les « délégués des ministres » assurent une présence permanente des pays à Strasbourg.
Le Comité des ministres exprime, sur un pied d’égalité, les points de vue des gouvernements. Il élabore collectivement les réponses du Conseil de l’Europe telles qu’elles ressortent de ces échanges. Ainsi, le texte d’un traité ou d’une convention est finalisé lorsqu’il est adopté par le Comité des ministres. Pour ce faire, il faut réunir la majorité des deux tiers des voix exprimées et la majorité des représentants ayant le droit de voter. Le Comité fixe également la date d’ouverture du traité à la signature.
Le Comité des ministres est également le gardien, avec l’Assemblée parlementaire (cf. infra, § 2), des valeurs qui fondent l’existence du Conseil de l’Europe : à ce titre, il est investi d’une mission de suivi du respect des engagements pris par les Etats membres. De même, le Comité des ministres surveille l’exécution des arrêts de la Cour européenne des droits de l’Homme. Ce travail fait l’objet notamment de réunions pluriannuelles.
Le Comité des ministres a le pouvoir d’inviter des Etats européens à devenir membres du Conseil de l’Europe. Il peut aussi suspendre ou exclure un membre. La procédure d’adhésion commence lorsque le Comité des ministres, ayant reçu une demande officielle d’adhésion, consulte l’Assemblée parlementaire. Si le Comité décide d’accepter un Etat, il adopte une résolution invitant cet Etat à adhérer. L’invitation précise le nombre de sièges dont l’Etat disposera à l’assemblée ainsi que sa contribution au budget. L’acceptation peut être subordonnée au respect de conditions concernant la mise en œuvre des réformes démocratiques dans l’Etat concerné. Une fois invité à adhérer, un Etat devient membre en déposant, normalement par l’entremise de son ministre des Affaires étrangères, un instrument d’adhésion auprès du secrétaire général.
Sur proposition du secrétaire général, le Comité des ministres approuve le budget du Conseil de l’Europe. Le Comité des ministres est également compétent pour l’adoption de recommandations à destination des Etats membres et la mise en œuvre de programmes de coopération et d’assistance.