De nombreux fichiers concernent l’ensemble des personnes poursuivies ou condamnées pour tout type d’infractions. Il s’agit des fichiers JUDEX (système judiciaire de documentation et d’exploitation) et STIC (système de traitement des infractions constatées), gérés respectivement par la police et la gendarmerie ainsi que du Fichier national des empreintes génétiques (FNAEG), géré par le ministre de l’Intérieur sous le contrôle d’un magistrat. Ce fichier a été créé initialement pour enregistrer les auteurs d’infractions sexuelles mais il a été rapidement étendu aux personnes mises en cause pour la plupart des atteintes aux personnes ou aux biens.
Ne seront examinés ici que les fichiers judiciaires qui comportent des spécificités liées notamment à un souci de « traçabilité » des auteurs d’infractions sexuelles, afin de prévenir le renouvellement des infractions. Ainsi, des règles spécifiques aux infractions sexuelles visent les inscriptions au bulletin n° 2 du casier judiciaire. Un fichier spécifique, le Fichier judiciaire national automatisé des auteurs d’infractions sexuelles (Fijais), obligeant notamment les condamnés à justifier de leur adresse a été créé en 2005. Enfin, un « répertoire des données à caractère personnel collectées dans le cadre des procédures judiciaires » visant spécifiquement les personnes pour lesquelles le suivi socio-judiciaire est encouru a été créé par la loi du 10 mars 2010.