L'ordonnance de coordination avec la loi « HPST » du 21 juillet 2009 comporte deux titres consacrés au secteur sanitaire, l'un relatif aux établissements de santé et l'autre à l'organisation territoriale du système de santé pour tenir compte de la création, au plus tard le 1er juillet 2010, des agences régionales de santé (ARS).
La loi du 21 juillet 2009 a réformé les missions des établissements de santé en supprimant la notion d'établissement de santé privé admis à participer au service public hospitalier et en la remplaçant par celle d'établissement de santé privé d'intérêt collectif. Tout établissement de santé, indépendamment de son statut (public, privé ou privé d'intérêt collectif) peut désormais être appelé à assurer, en tout ou en partie, une ou plusieurs missions de service public. L'ordonnance supprime donc des différents codes la notion de « service public hospitalier ». Signalons également la disparition de la notion d'« hôpitaux locaux ». Les renvois aux différentes catégories d'établissements financés dans le cadre des objectifs de dépenses d'assurance maladie sont également actualisés (voir ce numéro, page 12).
D'autres mesures de coordination concernent l'organisation territoriale du système de santé, à savoir notamment : la substitution du directeur général de l'agence régionale de santé (ARS) au préfet dans les dispositions relatives aux droits des malades, le transfert des compétences du comité régional de l'organisation des soins à la conférence régionale de la santé et de l'autonomie et la définition d'une procédure de déclaration des cas de saturnisme des mineurs auprès de l'ARS.
Actualisant les renvois du code de l'action sociale et des familles au code de la santé publique pour ce qui concerne les unités de soins de longue durée, l'ordonnance en modifie la dénomination. Il s'agit désormais des « établissements de santé autorisés à dispenser des soins de longue durée », qui étaient jusque-là désignés comme les « soins de longue durée, comportant un hébergement, à des personnes n'ayant pas leur autonomie de vie dont l'état nécessite une surveillance médicale constante et des traitements d'entretien » dispensés par les établissements de santé publics ou privés.