Dans le cadre de la réforme de l'administration centrale et territoriale de l'Etat prévue par la révision générale des politiques publiques, une mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale est créée. Elle se substitue, à compter du 1er janvier 2010, aux services de protection sociale des directions régionales des affaires sanitaires et sociales (DRASS) qui effectuaient un contrôle de premier niveau sur ces organismes. Pour mémoire, les DRASS doivent en effet être remplacées par deux structures n'ayant pas vocation à effectuer un tel contrôle : les agences régionales de santé, d'ici le 1er juillet 2010 (1), et les directions régionales de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale (DRJSCS), à compter du 1er janvier 2010 (2).
Cette réorganisation a pour but de renforcer et d'améliorer la capacité de contrôle de l'Etat sur les 420 organismes locaux de sécurité sociale et de mieux articuler son programme de contrôle avec la stratégie d'audit et de contrôle de deuxième niveau développée par l'inspection générale des affaires sociales. La mission, constituée sous la forme d'un service à compétence nationale rattaché au directeur de la sécurité sociale, comprend une cellule nationale située dans les locaux de l'administration centrale et neuf antennes interrégionales implantées dans les DRJSCS.