« Le cloisonnement des structures, des acteurs et des outils de pilotage des soins ambulatoires et des soins hospitaliers constitue un défaut majeur [du] système de santé. » C'est ce constat qui est à l'origine de la réflexion sur la création des agences régionales de santé. Rappelant que « la pertinence d'un pilotage unifié de ces deux domaines est unanimement reconnu comme le «socle» incontournable des ARS », Philippe Ritter envisage d'aller plus loin. Les ARS ne seraient pas seulement chargées de l'organisation des soins mais également du contrôle des dépenses, mission actuellement dévolue à l'assurance maladie.
Le préfet honoraire prône la responsabilisation des futures agences tant en matière de politiques de santé que d'efficience au moyen, notamment, d'une contractualisation avec la médecine de ville et les établissements de santé pour aligner leurs pratiques sur les objectifs poursuivis. Dans ce cadre, il propose donc que les fonctions de contrôle et d'action sur les comportements relèvent de la responsabilité des ARS, leur mise en oeuvre pouvant être déléguée aux caisses locales d'assurance maladie. Celles-ci ne conserveraient dans leurs attributions que l'accès aux droits, le traitement, la liquidation et le contrôle des prestations, la lutte contre les fraudes et le contentieux, cette nouvelle répartition des compétences les rapprochant du « droit commun » de la caisse nationale d'assurance vieillesse et de la caisse nationale des allocations familiales.
« Au sein des ARS, la direction chargée de la régulation des dépenses de santé risque de ne pas être assez autonome pour se faire entendre dans tous les dossiers, notamment lorsqu'il s'agit de restructurations difficiles », alerte toutefois Yves Bur. Partisan d'une « direction régionale de l'assurance maladie », dont les missions seraient recentrées sur la régulation des dépenses de santé, il en tire également les conséquences sur l'organisation du dispositif au niveau national en proposant de « clarifier le partage des compétences entre l'Etat et l'assurance maladie, en recentrant les missions de celle-ci sur la gestion du risque, et non sur la seule liquidation des remboursements ». Si la gestion du risque était malgré tout confiée aux ARS, l'unification complète du pilotage national du système de santé nécessiterait la création d'une agence nationale de santé, laquelle « pourrait être perçue comme un pas décisif vers une «étatisation» de l'assurance maladie, qui irait à l'encontre des orientations prises en 2004 et des souhaits des partenaires sociaux ».
Philippe Ritter appelle également à une évolution du pilotage national afin d'offrir aux ARS un donneur d'ordre unique. Cependant, pour lui, une grande réorganisation vers une structure unique qui piloterait l'ensemble du dispositif « ne semble pas envisageable, du moins à court terme ». Dans un premier temps, il suggère donc la mise en place d'une instance de coordination préservant les structures actuelles.
La mise en place des ARS dès 2009 imposera un calendrier très serré. Avant la fin du mois de février, un comité stratégique devrait être formé afin d'élaborer le projet de mise en oeuvre de la réforme, lequel sera soumis à la validation du comité de suivi de la révision générale des politiques publiques en avril. Après l'adoption du projet de loi par le Parlement, au plus tard en septembre, les modes de financement des ARS devront être prévus dans la prochaine loi de financement de la sécurité sociale et les décrets d'application achevés fin 2008. La mise en place juridique, fonctionnelle et physique des nouvelles agences pourrait alors intervenir au deuxième trimestre 2009.