Le décret précise que lorsque la rémunération garantie est maintenue pendant les périodes ouvrant droit à une indemnisation au titre de l'assurance maladie, l'ESAT est subrogé dans les droits du travailleur handicapé aux indemnités journalières. En outre, la part revenant à l'Etat, au prorata de sa participation à la rémunération garantie, vient en déduction de la compensation des charges et des cotisations afférentes à la partie de la rémunération garantie égale à l'aide au poste.
En plus de la rémunération garantie, le travailleur handicapé peut recevoir une prime d'intéressement. L'ESAT peut en effet décider d'affecter une partie de son excédent d'exploitation à l'intéressement des travailleurs handicapés. Dans ce cas, le montant de la prime versé à chaque travailleur handicapé est limité à 10 % du montant total annuel de la part de rémunération garantie directement financée par l'ESAT pour ce même travailleur au cours de l'exercice au titre duquel l'excédent d'exploitation est constaté. Cette prime d'intéressement est portée sur le bulletin de paie correspondant au mois de son versement. Elle est assujettie à cotisations, notamment d'assurance sociale, d'accidents du travail et de retraites complémentaires. La part de cotisations incombant à l'établissement ne donne pas lieu à compensation par l'Etat. En outre, la prime n'est pas prise en compte pour l'application de la condition de ressources au regard de l'attribution de l'allocation aux adultes handicapés.
Le décret prévoit par ailleurs que l'Etat assure la compensation d'une partie des cotisations payées au titre de l'affiliation à un organisme de prévoyance afin de permettre la prise en charge de la part de rémunération garantie directement financée par l'établissement ou le service, notamment pendant les périodes de suspension d'activité du travailleur handicapé. Cette compensation est égale à un montant correspondant à 2 % de la part de la rémunération garantie financée par l'établissement.
Enfin, les établissements publics qui gèrent des ESAT peuvent aussi gérer en budget annexe une entreprise adaptée conformément au plan comptable des établissements publics sociaux et médico-sociaux. En revanche, une entreprise adaptée dont l'organisme gestionnaire est une personne morale de droit privé à but non lucratif ne peut être gérée en budget annexe d'un ESAT que si sa capacité d'accueil est inférieure à 15 places ou à la moitié de la capacité autorisée pour ledit établissement ou service.
L'ensemble de ces règles sont applicables depuis le 1er janvier 2007.