A compter du 1er novembre 2006, de nouvelles conditions et modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat vont s'appliquer. Elles sont détaillées par un décret du 3 juillet, complété de trois arrêtés datés du même jour. Le premier fixe les taux des indemnités de stage, le deuxième ceux des indemnités de missions et le dernier le taux des indemnités kilométriques.
Inspirée d'une expérimentation menée par certains ministères depuis 2000, cette réforme doit permettre une gestion plus souple, une simplification administrative, une meilleure transparence pour les personnels et une plus grande qualité de service pour les agents en mission.