En signant les volets « social » et « statutaire » de l'accord, l'UNSA, la CFDT et la CFTC ont ouvert la voie à une application de son volet « salarial », pourtant unanimement rejeté par les partenaires sociaux. Christian Jacob avait en effet conditionné la mise en œuvre des nouvelles revalorisations salariales qu'il a proposées à la conclusion d'un accord sur les autres volets.
Aussi le traitement des fonctionnaires sera-t-il revalorisé comme suit : + 0,5 % du point d'indice au 1er juillet 2006, suivi d'une seconde hausse de 0,5 % au 1er février 2007. Ultime concession du ministre aux partenaires sociaux, l' « attribution d'un point d'indice supplémentaire à l'ensemble des fonctionnaires dès le 1er novembre 2006 ».