Afin de permettre à l'Institut de veille sanitaire (InVS) de mener à bien ses missions tout en respectant la confidentialité de certains renseignements, un décret fixe les conditions dans lesquelles cette institution accède aux informations couvertes par le secret professionnel. La procédure à suivre est détaillée. Ainsi la communication à l'InVS de tels renseignements fait l'objet d'une demande écrite et motivée de son directeur général, qui désigne, au sein de l'institut, le médecin habilité à recevoir ces informations.
Lorsque, dans l'exercice de la mission d'alerte à l'InVS, la transmission d'informations couvertes par le secret médical est indispensable à l'autorité destinataire pour la mise en œuvre de mesures adaptées, individuelles ou collectives, de prévention ou de maîtrise des risques, l'institut transmet ces renseignements aux pouvoirs publics, notamment à l'Agence française de sécurité sanitaire.
Par ailleurs, le fait de ne pas communiquer les informations demandées par l'institut est puni de l'amende prévue pour les contraventions de 5e classe. Les personnes morales peuvent être déclarées pénalement responsables de cette nouvelle infraction.