L'ordonnance modifie également l'organisation administrative et le fonctionnement du système de santé. S'inscrivant dans le cadre de la mise en œuvre du plan « hôpital 2007 »,
elle prévoit tout d'abord le renforcement du rôle des directeurs des agences régionales de l'hospitalisation (ARH) en leur transférant des compétences appartenant au gouvernement et au préfet en matière de santé. Ils récupèrent notamment la mission de fixer la dotation globale des institutions qui, sans être des établissements de santé, participent à la lutte contre les maladies mentales et dont les dépenses sont déjà incluses dans la dotation régionale limitative gérée par les agences régionales. De plus, ils sont compétents en matière d'autorisation des centres de lutte contre le cancer, rôle dévolu auparavant au ministre chargé de la Santé.
La planification sanitaire régionale est également réorganisée avec la suppression de la carte sanitaire et l'intégration du schéma régional de psychiatrie dans le schéma régional d'organisation sanitaire. Enfin, l'ordonnance vise à simplifier le régime des autorisations des activités de soins et d'équipements en matériel lourd et à réduire le nombre de formules de coopération sanitaire.