Selon l'article 80 quinquies du code général des impôts, « les indemnités journalières versées par les organismes de sécurité sociale et de la mutualité sociale agricole ou pour leur compte sont soumises à l'impôt sur le revenu suivant les règles applicables aux traitements et salaires, à l'exclusion des indemnités [...] allouées à des personnes atteintes d'une affection comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse ». Pour les organismes de sécurité sociale, cela signifiait que toutes les indemnités journalières versées aux personnes dispensées du ticket modérateur étaient exonérées d'impôt sur le revenu.
Faux, ont répondu le ministère de l'Economie, des Finances et de l'Industrie et le ministère de l'Emploi et de la Solidarité, s'appuyant sur l'analyse du législateur exprimée au cours des débats parlementaires lors de l'adoption de ces dispositions en 1978. L'exonération concerne les indemnités versées et non les personnes qui les perçoivent. Autrement dit, seules les indemnités journalières dues au titre de l'affection doivent être exonérées d'impôt. En revanche, les indemnités journalières d'assurance maladie servies à un autre titre et les indemnités journalières d'assurance maternité sont soumises à l'imposition.
Aussi, ces deux ministères ont-ils demandé à la caisse nationale d'assurance maladie d'intégrer les indemnités journalières concernées dans le relevé envoyé aux assurés pour leur déclaration de revenus imposables.